Desde su constitución en 1992, Bakeaz creó un área de paz y derechos humanos, bajo la dirección de Xabier Etxeberria, educador y filósofo. Los fundadores de Bakeaz procedíamos del ámbito asociativo cultural, pacifista, ecologista y de los derechos humanos, y siempre nos preocupó el problema de la violencia en las relaciones humanas, fuesen entre individuos o grupos, en el seno de una sociedad o en un área geopolítica determinada. En el transcurso de estos años hemos abierto diversas líneas de reflexión, con el concurso de un nutrido grupo de expertos, y hemos publicado y difundido ampliamente muchos libros, cuadernos teóricos y artículos de opinión referidos a estas cuestiones. Asimismo, hemos organizado ciclos de conferencias, seminarios y cursos.
En Bakeaz entendemos la cultura de paz en un sentido amplio y complejo, intentando abordar todas sus perspectivas, y la insertamos en la situación de violencia del País Vasco. En coherencia con todo ello, decidimos crear una Escuela de paz. Fue una iniciativa de tres personas —Xabier Etxeberria, José Ángel Cuerda, ex alcalde de Vitoria, y Josu Ugarte, director de Bakeaz—, y surgió al calor del Año Internacional de la Cultura de Paz de 2000 promovido por Naciones Unidas.
La Escuela de paz no fue una creación ex novo sino que ha tenido en cuenta iniciativas que desde diversas instituciones y organizaciones internacionales se han llevado a cabo para la promoción de los derechos humanos y de la cultura de paz. Alguna de ellas han servido de inspiración a la Escuela de paz de Bakeaz.