Desde su constitución en 1992, Bakeaz ha realizado una intensa actividad en el campo de la educación para la paz y los derechos humanos (EP). En particular, ha impulsado diferentes líneas de reflexión, ha editado numerosos libros y cuadernos teóricos, y ha desarrollado programas de formación, divulgación y asesoramiento. Asimismo, colabora con instituciones internacionales, españolas y vascas relevantes.
El Área de educación para la paz y los derechos humanos de Bakeaz —de la que ha surgido la Escuela de paz— cuyo responsable es el catedrático de Ética de la Universidad de Deusto y fundador de la asociación, Xabier Etxeberria, ha abierto en estos más de quince años diversas líneas de reflexión:
Ya en particular, la Escuela de paz viene realizando una importante labor de reflexión sobre los fundamentos teóricos de la educación para la paz y los derechos humanos, pues estamos convencidos de que todas las acciones dirigidas al aprendizaje de conocimientos, la transmisión de valores, la sensibilización social y la elaboración de materiales didácticos sobre esta materia deben tener una sólida base teórica. Por ello, la Escuela de paz de dedica muchos de sus esfuerzos a la reflexión, elaboración de contenidos y edición.
En relación con lo anterior, merece la pena destacar experiencia de los grupos de reflexión de la Escuela de paz que comenzó en el año 2004. La metodología de trabajo es simple: cada tema elegido es debatido en grupos compuestos por educadores, filósofos, historiadores y politólogos a partir de un documento-borrador elaborado por el director científico del tema objeto de la reflexión. Ese proceso de discusión, bien conducido, ha permitido la redacción final de diferentes documentos con propuestas pedagógicas y teóricas sobre temas como la presencia de las víctimas en la educación secundaria, la tortura, o la memoria y las víctimas del terrorismo, que han sido publicados y ampliamente difundidos.